1. Ce qui compte : votre revenu des trois dernières années
Pour un micro-entrepreneur, le revenu retenu est le chiffre d'affaires moins l'abattement fiscal (71 % en vente, 50 % en prestation commerciale ou artisanale, 34 % en profession libérale), en moyenne sur les trois années civiles qui précèdent l'arrêt. Avec moins de trois ans d'activité, la moyenne se fait sur la période travaillée.
| Activité | Revenu moyen minimum | Soit un chiffre d'affaires d'environ |
|---|---|---|
| Vente de marchandises | 4 582 € | 15 800 € |
| Prestation commerciale ou artisanale | 4 582 € | 9 170 € |
| Profession libérale | 4 582 € | 6 950 € |
2. L'arrêt maladie
- Affiliation : au moins 12 mois sans interruption.
- Montant : 1/730e du revenu annuel moyen, au plus 65,84 € brut par jour en 2026, soumis à la CSG, à la CRDS et à l'impôt.
- Carence : les 3 premiers jours ne sont pas payés ; une hospitalisation ne la supprime pas.
- Durée : 360 indemnités au plus sur trois ans, sauf affection de longue durée. Depuis le 15 octobre 2026, la dérogation pour les maladies longues qui ne sont pas des affections de longue durée exonérantes est ramenée de trois ans à un an.
Exemple : une graphiste à 36 000 € par an
Revenu retenu : 36 000 € − 34 % = 23 760 € par an. Indemnité : 23 760 € ÷ 730 = 32,55 € brut par jour.
Pour un arrêt de 30 jours, elle touche 27 jours d'indemnités (3 jours de carence), soit 878,85 € brut. Bien moins que ce qu'elle aurait facturé.
Les démarches
- 1
Le médecin établit l'arrêt
En ligne le plus souvent. Un premier arrêt est limité à 31 jours et une prolongation à 62 jours, sauf justification ; un arrêt prescrit en téléconsultation ne dépasse pas 3 jours. - 2
Vous l'envoyez sous 48 heures
Si l'arrêt est sur papier, envoyez les volets 1 et 2 à votre caisse d'assurance maladie ; seul le formulaire sécurisé est accepté, pas une photocopie. - 3
Vous arrêtez toute activité
Sinon, la caisse peut vous demander de rembourser les indemnités.
3. La maternité
Il faut 6 mois d'affiliation à la date prévue de l'accouchement. Vous touchez deux choses :
Une allocation de 4 005 €
- L'allocation forfaitaire de repos maternel
- Moitié au début du congé, moitié à la fin des 8 semaines minimum
65,84 € par jour d'arrêt
- Des indemnités forfaitaires, quel que soit votre revenu au-dessus du seuil
- À condition d'arrêter toute activité
| Situation | Durée minimum | Durée maximum |
|---|---|---|
| 1er ou 2e enfant | 8 semaines, dont 6 après l'accouchement | 16 semaines |
| À partir du 3e enfant | 8 semaines, dont 6 après | 26 semaines |
| Jumeaux | 8 semaines, dont 6 après | 34 semaines |
| Triplés ou plus | 8 semaines, dont 6 après | 46 semaines |
4. La paternité et l'accueil de l'enfant
- 25 jours au plus (32 pour des naissances multiples), avec 6 mois d'affiliation.
- Une première période de 7 jours à partir de la naissance, puis le reste en une à trois périodes d'au moins 5 jours, dans les 6 mois.
- 65,84 € par jour (10 % si le revenu moyen est inférieur à 4 582 €), sur attestation que vous arrêtez toute activité.
En cas d'adoption, l'indépendant touche une allocation de 2 002,50 € et 65,84 € par jour pendant la durée légale du congé d'adoption.
5. Le nouveau congé de naissance
Créé par la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, le congé supplémentaire de naissance est en vigueur depuis le 1er juillet 2026, pour les enfants nés ou adoptés depuis le 1er janvier 2026. Il s'ajoute au congé de maternité ou de paternité.
| Point | Règle |
|---|---|
| Durée | 1 ou 2 mois par parent, en une ou deux fois |
| Quand | Dans les 9 mois qui suivent la naissance (jusqu'au 31 mars 2027 pour un enfant né avant le 1er juillet 2026) |
| Montant | 46,09 € brut par jour le 1er mois, 39,50 € le 2e (6,58 € si le revenu moyen est inférieur à 4 582 €) |
| Conditions | 6 mois d'affiliation et suspension de toute activité pendant le congé |
Les textes visent les travailleurs indépendants sans nommer les micro-entrepreneurs : faites confirmer vos droits par votre caisse avant de vous organiser.
6. Pendant l'arrêt : vos déclarations
- Continuez à déclarer votre chiffre d'affaires encaissé à l'Urssaf, même à 0 € : sans chiffre d'affaires, pas de cotisations.
- Les indemnités ne sont pas du chiffre d'affaires : la CSG et la CRDS sont prélevées directement par l'assurance maladie.
- Prévenez vos clients et décalez les échéances de vos devis en cours.
7. Se protéger mieux
L'exemple de la graphiste le montre : les indemnités couvrent rarement ce que vous perdez. Une assurance prévoyance peut compléter les indemnités journalières, couvrir l'invalidité et parfois vos frais fixes. Elle est facultative : comparez les garanties et les délais de carence.
Voyez aussi les assurances utiles au micro-entrepreneur.
Questions fréquentes
Un auto-entrepreneur a-t-il droit à des indemnités en arrêt maladie ?
Oui, s'il est affilié depuis au moins 12 mois et si son revenu annuel moyen des trois dernières années (chiffre d'affaires moins l'abattement) atteint au moins 4 582 €. L'indemnité vaut 1/730e de ce revenu, au plus 65,84 € brut par jour en 2026, à partir du 4e jour d'arrêt.
Quel chiffre d'affaires faut-il pour toucher des indemnités journalières ?
Il faut un revenu annuel moyen d'au moins 4 582 € après abattement, soit environ 15 800 € de chiffre d'affaires en vente, 9 170 € en prestation commerciale ou artisanale et 6 950 € en profession libérale, en moyenne sur les trois dernières années.
Combien touche une micro-entrepreneuse en congé maternité ?
Une allocation forfaitaire de repos maternel de 4 005 € versée en deux fois, et des indemnités journalières forfaitaires de 65,84 € par jour d'arrêt, pendant au moins 8 semaines dont 6 après l'accouchement. Si le revenu moyen est inférieur à 4 582 €, ces montants sont réduits à 10 %.
Peut-on travailler pendant un arrêt maladie en micro-entreprise ?
Non. Les indemnités supposent d'arrêter toute activité non autorisée par le médecin. Travailler pendant l'arrêt expose à devoir rembourser les indemnités. Vous continuez en revanche à déclarer à l'Urssaf le chiffre d'affaires encaissé, même à 0 €.
Les micro-entrepreneurs ont-ils droit au nouveau congé de naissance ?
Le congé supplémentaire de naissance, en vigueur depuis le 1er juillet 2026, est ouvert aux travailleurs indépendants, avec un revenu calculé comme pour les indemnités journalières. Les textes ne citent pas les micro-entrepreneurs par leur nom : faites confirmer vos droits par votre caisse d'assurance maladie.
Un chiffre d'affaires bien déclaré, ce sont des droits.
Vos indemnités dépendent de ce que vous avez déclaré. Calepio tient votre livre des recettes et prépare chaque déclaration Urssaf, sans oubli. Gratuit à vie.
À lire aussi
Textes de référence
- Code de la sécurité sociale, articles D622-7 à D622-9 (indemnités journalières des indépendants), D623-1 à D623-4-1 (maternité, paternité, congé supplémentaire de naissance).
- Décret n° 2026-426 du 30 mai 2026 (congé supplémentaire de naissance) et décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026 (durée des indemnités pour les affections de longue durée non exonérantes).
- ameli.fr : « Arrêt maladie : artisans et commerçants » et « Congé supplémentaire de naissance ».
- Fiches officielles : « Protection sociale du commerçant et de l'artisan » et « Congé supplémentaire de naissance pour un travailleur indépendant ».